В 1546 г. Иван созвал бояр и объявил им о своём намерении принять титул царя. Возможно, эту мысль подал ему митрополит Макарий.

Венчание на царство произошло 16 января 1547 г. в Успенском соборе Московского Кремля. Макарий возложил на голову Ивана царский венец — шапку Мономаха, вручил скипетр и державу. Эта символическая церемония должна была поднять авторитет власти.

В феврале 1547 г. царь женился на боярской дочери Анастасии Захарьиной-Юрьевой, с которой потом жил в большой любви.

Принятие царского титула, как и женитьба, должно было показать: государь стал взрослым и теперь будет править сам. Действительно, Ивану исполнилось уже 16 лет, а бояре и дети боярские начинали в то время службу в 15 лет.

Однако на деле Иван IV не изменил прежним привычкам и не вмешивался серьёзно в государственные дела. Иногда он ездил на военные смотры, а чаще совершал паломничество по монастырям.

В июне 1547 г. в Москве случился грандиозный пожар. Дотла выгорела треть города.

По Москве тотчас распространился слух: виновны в поджогах - князья Глинские, дяди царя по матери. Говорили, что якобы бабка Ивана IV «с детьми волховала, вынимала сердца человеческие, да клала их в воду, да тою водою, ездя по городу, кропила — оттого Москва и выгорела».

Слухи быстро распространились по Москве. Огромная толпа разъяренных горожан ринулась к подворью Глинских. Толпа забила камнями двоюродного брата Ивана IV - Юрия Глинского. Остальным Глинским удалось бежать, но дворы их были разгромлены.

Толпа москвичей двинулась к селу Воробьёво, где находился с семьей молодой царь Иван IV.

Ивану с огромным трудом удалось убедить людей, что Глинских, которых они искали, в Воробьёве нет. Царю даже пришлось встать на колени перед толпой и молиться о смиерти...

В этих трагических обстоятельствах молодому царю пришлось выслушать и принять глубоко в сердце горячую речь протопопа (старшего священника) кремлёвского Благовещенского собора Сильвестра о том, что это испытание сниспослано Богом для того, что бы молодой государь начал очищать страну от скверны боярского правления.

Бунт в июне 1547 г. утих сам собой. Мятежников смирила потеря родных, домов и имущества. А молодой царь начал действовать.

Он удалил Глинских и собрал вокруг себя к началу 1549 г. новый круг помощников. С лёгкой руки Андрея Курбского этот круг получил название Избранная рада.

Состав Избранной рады не совсем ясен историкам. Главой её, без сомнения, являлся дворянин Алексей Адашев. Входил в раду и князь Андрей Курбский, глава Посольского приказа Иван Висковатый. Были близки к раде митрополит Макарий и протопоп Сильвестр.

В кругу Избранной рады Иван IV обсуждал планы реформ и читал вместе с её членами «Челобитные» Ивана Пересветова — одного из лучших публицистов XVI в. Пересветов призывал обуздать боярское самоуправство. «Государство без грозы, что конь без узды», — писал он.

Реформы, разработанные в беседах и спорах Избранной рады будут проведены в 1549—1560 гг.

В 1549 г. в Москве впервые был созван Земский собор — высший совещательный сословно-представительный орган, куда входили члены Боярской думы, высшее духовенство, выборные от служилых людей (позже в Земских соборах Ивана Грозного участвовали также представители от купцов и посадских людей).

Когда выборные съехались, Иван обратился к народу. Он напомнил, что из-за его несовершеннолетия и неправды бояр в стране творились многие беззакония, поправить которые теперь уже нельзя. Царь попросил забыть о прежней вражде, а в будущем пообещал самолично стоять на страже справедливости. Этот собор впоследствии назовут "Собором примирения".

В дальнейшем Земские соборы собирались по мере необходимости для решения наиболее важных государственных вопросов (избрание или утверждение царя, объявление войны или заключение мира, сбор новых налогов и др.). Они сыграли выдающуюся роль в деле сохранения единства и суверенитета страны.

Земский собор 1549 г. утвердил составление нового Судебника, который был подготовлен под руководством Алексея Адашева в 1550 г. Судебник помимо прочего, предписывал под угрозой опалы не «волочить дела» и устанавливал наказания за произвол и взятки.

Судебник ограничивал власть наместников. Теперь они должны были судить вместе с выборными старостами и их помощниками — целовальниками.

Судебник подтвердил право выхода крестьян раз в год в течение двух недель до и после осеннего Юрьева дня. При этом размер пожилого (выплаты в пользу владельца покидаемой земли) увеличивался.

Реформы Избранной рады затронули и жизнь церкви.

Церковный собор 1551 г. принял много решений, которые записали в книге со 100 главами, отчего сам собор вошёл в историю как Стоглавый.

За духовенством сохранилась привилегия особого церковного суда. Духовенству было предписано удерживать мирян от злоупотребления вином и вообще заботиться об их нравственности. Предписывалось также, чтобы в монастырях учили грамоте и оказывали помощь убогим и больным.

В 1550-х гг. были приняты меры к восстановлению убранства столичных храмов, пострадавших в пожаре 1547 г.

Среди горожан и служилых людей в то время возникает интерес к чтению. Появляются новые книги для повседневного душеспасительного чтения. Под руководством митрополита Макария были созданы Четьи-Минеи («чтение по месяцам») — 12-томное собрание житий святых.

В середине XVI в. появляются первые печатные книги на русском (церковнославянском) языке.

В 1560-е гг. в столице заработала типография русского первопечатника Ивана Фёдорова и его сподвижника Петра Мстиславца. Первой изданной книгой стал «Апостол».

В 1550-е гг. появились новые органы центральной государственной власти. Многие функции, ранее исполнявшиеся Казной, отошли теперь к приказам (их ещё называли избами или дворцами). Они были специализированы по отраслям или по территориям. Среди отраслевых приказов были:
- Посольский (занимался внешней политикой),
- Разрядный (ведал войском),
- Поместный (следил за наделением служилых людей поместьями и вотчинами),
- Челобитный (принимал жалобы населения),
- Земский (ведал порядком в Москве),
- Чети и Большой приход (собирали налоги),
- Разбойный (боролся с «лихими людьми» — разбойниками и татями, кравшими чужое; «ворами» в XVI—XVII вв. называли мятежников или изменников).

Территориями управляли возникшие ещё при Иване III Тверской и Новгородский приказы.

После присоединения Поволжья появился Казанский приказ.

Органами местного самоуправления были губные и земские избы. Они собирали «кормленичий откуп», который использовался для «помóги» обедневшим служилым людям, чтобы они могли выйти на службу на коне и с хорошим вооружением.

Губная реформа имела успех в черносошных крестьянских землях, где не было ни помещиков, ни вотчинников, но имела место давняя привычка к общинному самоуправлению.

Стараниями Избранной рады был наведён порядок в налоговой системе России.

Вводилась поземельная единица налогообложения — большая соха. (Слово «соха» было многозначным, так мог называться и инструмент для вспашки, и мера земли.)

Большая соха различалась для разных категорий земли. Самый большой налог платили свободные черносошные крестьяне, жившие на «чёрной» (государственной) земле.

Налог платили сообща, будучи связанными круговой порукой (т. е. задолженность перед государством тех, кто не смог заплатить, погашали другие владельцы угодий). Внутри общин крестьяне сами раскладывали доли налога между хозяевами. За немощных хозяев доплачивали сильные, и казна не страдала от недоимок.

Землевладение церкви имело льготное налогообложение.