После смерти Ивана Грозного престол занял его сын Фёдор Иванович (1584—1598). По завещанию Фёдора должен был опекать совет, состоявший из бояр. В совет входили земские бояре Иван Шуйский, Никита Захарьин-Юрьев и опричные выдвиженцы — Борис Годунов, Богдан Бельский и др. Бельский сразу попытался составить заговор в пользу младшего брата царя — Дмитрия. Пообещав стрельцам «великое жалованье», он распорядился затворить все ворота и никого не пускать в Кремль. Но его замысел не удался. Бельского отправили в ссылку воеводой в Нижний Новгород. Царевича Дмитрия с матерью Марией Нагой отослали в Углич — удел, выделенный Дмитрию по духовной грамоте (завещанию) Ивана Грозного. В мае 1584 г. Фёдор Иванович торжественно венчался на царство. В совете опекунов велась борьба за влияние на царя. На первые роли выдвинулся боярин Борис Годунов, на сестре которого Ирине был женат царь. Борьба между опекунами окончилась победой Бориса. В России и за границей знали, что страной управляет Годунов, а Фёдор лишь царствует. Борис Годунов был талантливым администратором и искусным дипломатом. Хотя как политик Годунов сформировался в годы опричнины, он не являлся сторонником массовых опал и казней. Тем не менее личных врагов он подавлял беспощадно.

Борис Фёдорович старался примирить интересы разных сословий и вывести Россию из кризиса, которым завершилось царствование Ивана Грозного. Сразу после венчания Фёдора Ивановича на царство власть объявила амнистию всем, кто попал в опалу при Иване Грозном. Одновременно были смещены наиболее продажные судьи, чиновники, воеводы. В 1586—1587 гг. ряд послаблений в торговле получил Новгород, что свидетельствовало о стремлении правительства помочь возрождению старых купеческих центров. После потери Нарвы в Ливонскую войну стало затруднительно торговать с Западной Европой. Решено было сделать центром морской торговли устье Северной Двины, впадающей в Белое море. Вслед за англичанами в Белом море появились купцы из Нидерландов и других стран. В 1584 г. по указу Ивана Грозного возвели крепость-поселение вокруг Михайло-Архангельского монастыря, получившую название Новохолмогоры (будущий Архангельск). Напротив крепости построили корабельную пристань. Поселение Новохолмогоры стало главными морскими воротами России для внешней торговли с Западной Европой. Годунов принял меры по защите интересов торговых людей. Царский указ ограничил права иностранных купцов. Теперь им разрешалось покупать русские товары только в Архангельске у русских купцов-перекупщиков. Правда, по-прежнему существовала группа иноземцев — обладателей царских грамот, которые могли ездить по стране, скупать сырьё и прочие товары у мелких торговцев, промысловиков и ремесленников по низким ценам. На некоторое время правительство ограничило привилегии английской Московской компании. В начале царствования Фёдора Ивановича сохранялось тревожное положение на границах: восставали поволжские народы и сибирские племена, сохранялась опасность нападения Речи Посполитой, Швеции, Крымского ханства. По указу правительства началось строительство новых городов-крепостей. В 1580—1590-е гг. появились Воронеж, Ливны, Тюмень. На Волге основывают Царицын, Саратов, Самару, строят Уфу, Курск, Елец. Новые каменные крепости появились в Смоленске, Астрахани и Казани. В Москве возвели каменные стены и башни Белого города — третьей линии обороны, которая располагалась на месте современного Бульварного кольца. Крепость в столице строили не зря. Летом 1591 г. крымский хан Гази-Гирей подошёл к Москве. Но под огнём тяжёлых пушек, установленных на крепостных стенах и выведенных за пределы Москвы гуляй-городов, был вынужден отступить. После крымского набега вдоль линии современного Садового кольца были построены деревянные укрепления. Этот оборонительный рубеж называли Скородомом, так как возвели его очень быстро. К концу XVI в. на южных рубежах России было закончено сооружение оборонительной засечной черты, которая мешала неожиданному нападению и глубокому прорыву крымской конницы на территорию России. В 1589 г. после длительных переговоров с Константинопольским патриархом при активном участии Бориса Годунова в России было учреждено патриаршество. Русская православная церковь стала полноправной автокефальной (независимой от константинопольской церкви). Это свидетельствовало о возросшем международном авторитете России и Русской православной церкви. Первым русским патриархом стал Иов. В благодарность власти за помощь церкви Иов не стал оспаривать повышение налогов на монастырские земли. Казна получила прирост поступлений, которые можно было использовать на укрепление войска, границ, строительство крепостей.

Чтобы вернуть утраченные позиции после поражения в Ливонской войне, следовало восстановить силу русской армии. Это значило, что необходимо укрепить положение дворян и детей боярских, составлявших основу конного войска, так как гибель и бегство крестьян привели к разорению поместий и вотчин многих «воинников». В интересах служилых людей и государства Борис Годунов продолжил курс на закрепощение крестьянства. Было проведено описание земель, чтобы зафиксировать принадлежность земледельцев их владельцам и облегчить возвращение беглых. Но волнения и бегство крестьян от помещиков не прекращались. В 1597 г. правительство издало указ об урочных летах — пятилетнем сыске беглых крестьян. Была проведена раздача поместий детям боярским. Однако не все разорившиеся служилые люди получили новые поместья. Для этого не было лишнего фонда заселённых земель. Разорившиеся дети боярские обычно шли служить по кабале (грамоте) боевыми холопами бояр. Было узаконено пожизненное кабальное холопство. Специальный указ запретил принимать от холопов деньги в уплату долга. Холопы должны были работать на господина до его смерти. Наймиты, добровольно поступившие на службу, через шесть месяцев тоже становились холопами. Все кабалы (служилые и долговые обязательства) должны были фиксироваться в государственных книгах. Появилась практика записи кабального холопа за кредитором и его детьми. Смерть первого хозяина в этом случае не приносила свободы холопу. Разорившиеся дети боярские, ставшие холопами, потеряли право вернуть себе прежний высокий статус. Это, как и политика в отношении крестьян, создавало почву для народного недовольства, но помогло приступить к восстановлению хозяйства и укреплению положения дворян-землевладельцев. Однако меры правительства не привели к сплочению общества.

Воспользовавшись разногласиями между Речью Посполитой и Швецией, которые продолжили конкуренцию за обладание Ливонией, Россия попыталась вернуть Нарву. В январе 1590 г. русская армия выступила в поход. При войске в боевом доспехе находился и царь Фёдор Иванович. В отличие от иностранцев, которые видели в Фёдоре чуть ли не слабоумного, многие русские полагали, что добрый царь-богомолец угоден Всевышнему и это спасёт Россию. Присутствие царя в войске воодушевляло воинов. Придавало уверенности и то, что передовым полком командовал герой Молодей князь Дмитрий Хворостинин. После трёхдневного обстрела сдался Ям. Его гарнизону было позволено вернуться на родину. Вскоре русское войско осадило Нарву. Две недели вёлся артиллерийский обстрел города, затем начался решающий штурм. Взять крепость не удалось, однако шведы понесли большие потери. Ям, Копорье и Ивангород были отвоёваны. В разгар войны со Швецией истёк срок перемирия с Речью Посполитой, заключённого в Ям-Заполье в 1582 г. Существовала опасность возобновления военных действий. Однако в Москву для переговоров прибыли польские послы. Было заключено новое перемирие — на 12 лет. Это был важный дипломатический успех, позволивший продолжить войну против шведов. До 1593 г. русские отряды воевали в Карелии у шведского Выборга. В мае 1595 г. Россия и Швеция заключили Тявзинский мирный договор. Швеция отказалась от претензий на русские земли, захваченные во время Ливонской войны. Ям, Копорье и Ивангород признавались российскими. Шведы возвратили России также крепость Корелу с округой. Таким образом, правительству Фёдора Ивановича удалось компенсировать неудачи Ливонской войны.

Несмотря на внешние успехи, положение внутри России оставалось тревожным. Ощущалось глухое недовольство народа заповедными и урочными летами. Всех волновал вопрос: кто унаследует власть после бездетного Фёдора Ивановича? Главным претендентом на престол становился его малолетний брат Дмитрий. В этих условиях всесильный фаворит царя Борис Годунов не мог не задумываться о своём будущем. Когда по стране распространилась весть о внезапной и загадочной смерти Дмитрия в Угличе в 1591 г., многие предполагали, что царевич стал жертвой тайной расправы Годунова. Мать Дмитрия царица Мария Нагая прямо обвинила в гибели сына управлявших Угличем дьяков, присланных Годуновым, и они были убиты в ходе народного бунта. По официальной версии комиссии, которую возглавлял боярин Василий Шуйский, восьмилетний Дмитрий играл с детьми в тычку (ножички) и в припадке падучей болезни (эпилепсии) напоролся горлом на нож. После гибели Дмитрия его мать постригли в монахини с именем Марфа. Её родственников сослали. Наказали и угличан, принявших участие в восстании. Угличский колокол, возвестивший о смерти царевича, также был наказан. Его сняли с колокольни, вырвали язык и увезли в Сибирь. Последний царь из династии московских Рюриковичей Фёдор Иванович умер в январе 1598 г. Его единственная дочь царевна Феодосия, прожившая полтора года, скончалась ещё ранее.