После смерти Ивана Грозного престол занял его сын Фёдор Иванович (1584—1598).

По завещанию Фёдора должен был опекать боярский совет, состоявший в который входили: Иван Шуйский, Никита Захарьин-Юрьев, Борис Годунов, Богдан Бельский.

Бельский сразу попытался составить заговор в пользу младшего царевича— Дмитрия. Но его замысел не удался. Бельского отправили в ссылку воеводой в Нижний Новгород. Царевича Дмитрия с матерью Марией Нагой отослали в город Углич.

В мае 1584 г. Фёдор Иванович был венчан на царство.

В совете опекунов велась борьба за влияние на царя. На первые роли выдвинулся боярин Борис Годунов, на сестре которого Ирине был женат царь. Борьба между опекунами окончилась победой Бориса.

В России и за границей знали, что страной управляет Годунов, а Фёдор лишь царствует. Борис Годунов был талантливым администратором и искусным дипломатом..

Борис Фёдорович старался примирить интересы разных сословий и вывести Россию из кризиса, которым завершилось царствование Ивана Грозного.

Сразу после венчания Фёдора Ивановича на царство он объявил амнистию.

После потери Нарвы в Ливонскую войну стало затруднительно торговать с Западной Европой. Решено было сделать центром морской торговли устье Северной Двины, впадающей в Белое море - г.Архангельск - ставший главными морскими воротами России для внешней торговли.

По указу правительства началось строительство новых городов-крепостей. В 1580—1590-е гг. появились Воронеж, Ливны, Тюмень. На Волге основывают Царицын, Саратов, Самару, строят Уфу, Курск, Елец. Новые каменные крепости появились в Смоленске, Астрахани и Казани. В Москве возвели каменные стены и башни Белого города — третьей линии обороны, которая располагалась на месте современного Бульварного кольца.

Летом 1591 г. крымский хан Гази-Гирей подошёл к Москве. Но под огнём тяжёлых пушек, установленных на крепостных стенах и выведенных за пределы Москвы гуляй-городов, был вынужден отступить.

К концу XVI в. на южных рубежах России было закончено сооружение оборонительной засечной черты, которая мешала неожиданному нападению и глубокому прорыву крымской конницы на территорию России.

В 1589 г. после длительных переговоров с Константинопольским патриархом в России было учреждено патриаршество. Русская православная церковь стала полноправной автокефальной (независимой от константинопольской церкви). Первым русским патриархом стал Иов.

Чтобы вернуть утраченные позиции после поражения в Ливонской войне, следовало восстановить силу русской армии. В интересах служилых людей и государства Борис Годунов продолжил курс на закрепощение крестьянства.

Было проведено описание земель, чтобы зафиксировать принадлежность земледельцев их владельцам. В 1597 г. правительство издало указ об урочных летах — пятилетнем сыске беглых крестьян.

Воспользовавшись разногласиями между Речью Посполитой и Швецией, которые продолжили конкуренцию за обладание Ливонией, Россия попыталась вернуть Нарву. В январе 1590 г. русская армия во главе с царем выступила в поход. Передовым полком командовал герой Молодей князь Дмитрий Хворостинин.

После трёхдневного обстрела был взята крепость Ям. Русское войско осадило Нарву, однако взять крепость не удалось. Крепости Ям, Копорье и Ивангород были отвоёваны.

С Речью Посполитой было заключено новое перемирие — на 12 лет. Это был важный дипломатический успех, позволивший продолжить войну против шведов.

В 1595 г. Россия и Швеция заключили Тявзинский мирный договор. Швеция отказалась от претензий на русские земли, захваченные во время Ливонской войны. Ям, Копорье и Ивангород признавались российскими. Шведы возвратили России также крепость Корелу с округой.

Таким образом, правительству Фёдора Ивановича удалось компенсировать неудачи Ливонской войны.

Несмотря на внешние успехи, положение внутри России оставалось тревожным. Ощущалось глухое недовольство народа заповедными и урочными летами. Всех волновал вопрос: кто унаследует власть после бездетного Фёдора Ивановича?

Главным претендентом на престол становился его малолетний брат Дмитрий. В этих условиях всесильный фаворит царя Борис Годунов не мог не задумываться о своём будущем.

Когда по стране распространилась весть о внезапной и загадочной смерти Дмитрия в Угличе в 1591 г., многие предполагали, что царевич стал жертвой тайной расправы Годунова.

Мать Дмитрия царица Мария Нагая прямо обвинила в гибели сына управлявших Угличем дьяков, присланных Годуновым, и они были убиты в ходе народного бунта.

По официальной версии комиссии, которую возглавлял боярин Василий Шуйский, восьмилетний Дмитрий играл с детьми в тычку (ножички) и в припадке падучей болезни (эпилепсии) напоролся горлом на нож.

После гибели Дмитрия его мать постригли в монахини с именем Марфа. Её родственников сослали. Наказали и угличан, принявших участие в восстании.

Последний царь из династии московских Рюриковичей Фёдор Иванович умер в январе 1598 г. Его единственная дочь царевна Феодосия, прожившая полтора года, скончалась ещё ранее.