В апреле 1682 г. скончался царь Фёдор Алексеевич.

Смерть бездетного государя привела к династическому кризису.

По старшинству престол должен был перейти к сыну Алексея Михайловича и Марии Милославской, брату Фёдора Алексеевича - Ивану Милославскому.

Однако соперники семейства Милославских - родственники второй супруги государя - Нарышкины объявили о правах на престол царевича Петра Нарышкина — сына Алексея Михайловича с Натальей Нарышкиной.

Для московских бояр нахождение на престоле Петра и семейства Нарышкиных виделось более выгодным. Кандидатуру Петра поддержал и патриарх Иоаким.

В апреле 1682 г. 10-летнего Петра I провозгласили царём.

Милославские не могли с этим смириться. Особенно недовольна была старшая сестра Петра и Ивана — царевна Софья.

Милославские воспользовались недовольством стрельцов. После создания при Фёдоре Алексеевиче полков нового строя отношение к стрельцам у власти стало меняться. Теперь они рассматривались не как элитные военные части, а как городская полиция. Казна была пуста, и жалование стрельцам выплачивалось нерегулярно. Кроме того, командиры стрелецкого войска (сотники и полковники) часто злоупотребляли своим положением, удерживая в свою пользу часть стрелецкого жалованья и заставляя стрельцов выполнять хозяйственные работы в своих имениях.

Среди стрельцов распространились слухи, инициируемые Милославскими, что царевича Ивана незаконно лишили престола. Вскоре начался Стрелецкий бунт.

15 мая 1682 г. стрельцы двинулись в Кремль. Сторонники Петра попытались успокоить восставших: на Красное крыльцо дворца вывели живого и невредимого Ивана, а с ним царя Петра и царицу Наталью Кирилловну. Вместе с царским семейством на крыльцо вышел вернувшийся из ссылки за несколько дней до бунта боярин Артамон Матвеев (бывший глава стрелецкого приказа), появление которого должно было сильно укрепить позиции Нарышкиных.

Однако события пошли непредсказуемо. Князь Михаил Долгоруков стал оскорблять стрельцов. Это вызвало ярость стрельцов - князь был схвачен и растерзан.Началась резня. Следующей жертвой стал Матвеев, а затем и других родственников нарышкиных. Убийства и погромы прокатились по всей столице. Стрельцы расставили в Кремле свои караулы, которые не должны были никого ни впускать, ни выпускать. Фактически все обитатели Кремля, включая царскую семью, оказались заложниками мятежников.

Стрельцы потребовали выплатить всю задолженность по жалованию, которая составила 240 000 рублей. Таких денег в казне не было. Софья распорядилась собирать для этого деньги по всей стране и переплавлять на деньги золотую и серебряную посуду царской столовой.

Стрельцы потребовали, что бы царями были провозглашены оба брата: Иван и Пётр и регентшей при них - Софья Алексеевна.

Иван Алексеевич был объявлен первым царём, Пётр Алексеевич — вторым. Формально в стране устанавливалось двоецарствие, но реальная власть оказалась в руках царевны Софьи и её сторонников. При этом до совершеннолетия царей Софья была объявлена регентшей, т. е. фактической правительницей России (1682—1689).

Были удовлетворены требования стрельцов: выдано жалованье; объявлено о прощении стрельцов за бунт и убийства.

В стране устанавливалось двоецарствие, но реальная власть оказалась в руках царевны Софьи и её сторонников. При этом до совершеннолетия царей Софья была объявлена регентшей, т. е. фактической правительницей России (1682—1689).

Софья понимала, что её власть непрочна. Опасалась она не столько Нарышкиных — сколько стрельцов, которые угрожали очередным бунтом и требовали наград и привилегий. Стрельцы, однако чувствовали себя неуверенно, понимая, что как только они уйдут из Кремля, их власть закончится, и тогда ничего хорошего ждать им не придётся.

Главой Стрелецкого приказа стал князь Иван Хованский, который стал вести собственную политическую игру. Его именем историки называют период с мая по сентябрь 1682 г., — «хованщина».

Дерзость и нахальство стрельцов при попустительстве Хованского возрастали. Это очень скоро настроило против них служилых и посадских людей. Население устало от беспредела. Все хотели стабильности и порядка. Хованский попытался использовать против власти старообрядцев, которые после разгрома этого движения, мечтали о реванше. Однако по итогам "Спора о вере" Софья смогла отстоять свою власть. Тем не менее, оставаясь в Кремле, царская семья фактически была в заложниках у стрельцов.

В августе 1682 г. под предлогом необходимости учасчтия в крестном ходе царская семья  выехала в Троице-Сергиев монастырь. После этого Иван Хованский со старшим сыном был схвачен и казнен. В монастыре начали собирать народное ополчение для борьбы со стрельцами.

Лишившись покровителя, стрельцы оказались деморализованы и запросили пощады. Новым главой Стрелецкого приказа был назначен боярин Фёдор Шакловитый, который быстро навел порядок.

К ноябрю царский двор вернулся в Кремль. «Хованщина» закончилась. Однако Наталья Нарышкина с Петром предпочла остаться в селе Преображенское. опасаясь жизни в Москве.

Единомышленником и фаворитом царевны Софьи стал боярин князь Василий Голицын — один из самых образованных людей своего времени, сторонник преобразований. Он возглавил правительство Софьи.

В 1687 г. в Москве было открыто первое высшее учебное заведение — Славяно-греко-латинская академия.

В 1686 г. был заключён т.н. «Вечный мир» с Польшей, по которому было признано право России на Смоленск и Чернигово-Северскую землю. Левобережье Днепра осталось за Россией, Правобережье — за Речью Посполитой. Киев навечно переходил России. Взамен Россия должна была присоединиться к антитурецкому союзу. Князь Голицын в 1687 и 1689 гг. совершил два военных похода на Крым.

Софья пыталась уговорить стрельцов обратиться с челобитной о ее венчании на цартсво. Однако стрельцы хорошо помнили как Софья отнеслась к ним во времена «хованщины». Отказал в поддержке царевне и патриарх Иоаким.

В 1689 г. царевич Петр женился на Евдокии Лопухиной. Заключение брака свидетельствовало о полном совершеннолетии. Новых аргументов в защиту своей власти Софье привести не удалось. Число её сторонников таяло с каждым днём.

Развязка наступила в сентябре 1689 г. Получив известие о намерении стрельцов идти походом в Преображенское, чтобы убить его, Пётр бежал в Троице-Сергиев монастырь. Быстро выяснилось, что патриарх, двор и войско не намерены поддерживать Софью. Царевна была вынуждена искать мира.

Но Петру нужно было не примирение, а отстранение сестры от власти. Её ближайшие сторонники были схвачены. Князя Голицына отправили в ссылку. Сама Софья была отправлена в Новодевичий монастырь.